Après plusieurs semaines de débats, le gouvernement a finalement revu sa position.
Fin janvier, les députés ont tranché : la mesure visant à porter à trois jours le délai de carence en cas d’arrêt maladie dans la fonction publique a été supprimée du budget 2026.
Bonne nouvelle pour les agents publics : le passage à trois jours de carence en cas d’arrêt maladie ne verra finalement pas le jour. Fin janvier, les députés ont décidé de supprimer cette mesure du budget 2026, pourtant très attendue, ou redoutée, dans la fonction publique.
Résultat : les fonctionnaires conservent un seul jour de carence, comme c’est le cas aujourd’hui.
Dans le projet de loi de finances pour 2026, un amendement prévoyait d’allonger le délai de carence, période durant laquelle l’agent n’est pas rémunéré, d’un à trois jours.
L’objectif affiché par le gouvernement était de s’aligner sur le secteur privé, où les salariés sont soumis à un délai de carence de trois jours en cas d’arrêt maladie.
Mais cet argument a rapidement été contesté. Plusieurs députés ont rappelé que, dans les faits, une grande majorité des salariés du privé bénéficient d’une prise en charge par leur employeur dès les premiers jours d’absence. L’alignement annoncé apparaissait donc largement théorique.
Autre point de friction : l’impact financier direct sur les agents publics aux revenus les plus modestes, pour lesquels trois jours non indemnisés peuvent représenter une perte significative.
Face aux critiques et afin de faciliter l’adoption du budget 2026, le gouvernement a finalement revu sa position. L’allongement du délai de carence a été retiré du texte lors des débats parlementaires.
Le budget doit encore être examiné par le Sénat avant une validation définitive par l’Assemblée nationale début février, mais la tendance est désormais claire : le jour de carence reste fixé à un seul jour.
Cette décision intervient dans un climat déjà tendu pour les agents publics. Depuis mars 2025, les congés de maladie (CMO) sont indemnisés à hauteur de 90 % du traitement durant les trois premiers mois, contre 100 % auparavant.
Selon les autorités, cette réforme devait permettre près de 900 millions d’euros d’économies annuelles. Un élément qui explique pourquoi la question des arrêts maladie reste un sujet particulièrement sensible dans les débats budgétaires.
Entre modifications budgétaires, projets de décrets et évolutions successives des règles d’indemnisation, la gestion des absences devient de plus en plus complexe pour les employeurs publics et les services RH.
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