Les règles relatives aux congés pour raisons de santé évoluent dans la fonction publique territoriale. Publié le 31 juillet 2026, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 introduit plusieurs mesures visant à simplifier certaines procédures, tout en renforçant le suivi des arrêts de travail et du temps partiel thérapeutique (TPT).

Applicables à compter des 1er août et 1er septembre 2026, ces nouvelles dispositions concernent aussi bien les fonctionnaires que les agents contractuels.

Un temps partiel thérapeutique plus souple

Le temps partiel thérapeutique (TPT) fait l'objet de plusieurs ajustements destinés à faciliter sa mise en œuvre.

Désormais, lorsque le TPT est demandé après un congé de longue maladie, un congé de longue durée, un CITIS ou une disponibilité pour raison de santé, l'autorité territoriale devra rendre sa décision au plus tard le jour de la reprise. Dans les autres cas, elle disposera d'un délai maximal de 30 jours à compter de la réception de la demande.

Le dispositif gagne également en souplesse : le TPT n'a plus à être accordé par périodes de un à trois mois. Il peut désormais être autorisé pour une durée adaptée à la situation de l'agent, dans la limite d'une année.

Enfin, toute décision de refus ou d'interruption devra être motivée. Selon le motif invoqué, un entretien préalable avec l'agent ou l'avis d'un médecin agréé pourra être requis.

Arrêts de travail : de nouvelles modalités à partir du 1er septembre

Le décret fait également évoluer les règles applicables aux arrêts de travail.

À compter du 1er septembre 2026, les agents devront transmettre un avis d'arrêt de travail établi via le CERFA sécurisé. Le texte encadre également la durée des prescriptions, fixée en principe à :

31 jours pour un arrêt initial ;
62 jours pour une prolongation, sauf justification médicale.

Par ailleurs, les employeurs territoriaux pourront renforcer les contrôles administratifs afin de vérifier le respect des obligations liées aux arrêts de travail. En cas d'absence injustifiée lors d'un contrôle ou de refus de s'y soumettre, le versement de la rémunération pourra être suspendu.

Des congés de longue maladie plus simples à gérer

Le décret simplifie également la gestion des congés de longue maladie (CLM) et des congés de longue durée (CLD).

Ces congés pourront désormais être accordés ou renouvelés pour une durée maximale de six mois, sans durée minimale imposée. Certaines consultations systématiques du conseil médical sont également supprimées afin d'alléger les démarches administratives.

Autre nouveauté : sous réserve d'un avis médical favorable, les agents pourront engager une formation, réaliser un bilan de compétences ou préparer une reconversion professionnelle pendant certains congés pour raisons de santé.

Enfin, l'interdiction d'exercer une activité rémunérée est étendue au congé de maladie ordinaire, sauf dans les situations expressément prévues par les textes.

Une évolution des pratiques pour les collectivités

Avec ces nouvelles dispositions, les collectivités territoriales devront adapter leurs procédures internes, notamment en matière de gestion des congés pour raisons de santé, de temps partiel thérapeutique et de contrôle des arrêts de travail.

Ces évolutions traduisent une volonté de moderniser les dispositifs existants tout en conciliant l'accompagnement des agents et les besoins de continuité du service public.

Cegape accompagne les acteurs de la fonction publique

Face à une réglementation en constante évolution, les employeurs publics doivent régulièrement mettre à jour leurs pratiques RH. Grâce à ses formations dédiées aux ressources humaines, au temps partiel thérapeutique, aux congés pour raisons de santé et plus largement au statut de la fonction publique, CEGAPE accompagne les collectivités et établissements publics dans l'application concrète des nouvelles dispositions réglementaires.

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Fonction publique territoriale Congés pour raisons de santé Temps partiel thérapeutique Arrêts de travail Ressources humaines

Valentine Weiss

Publié le 14 août 2026

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Congés pour raisons de santé : les nouvelles règles

De nouvelles règles applicables dès 2026

Temps partiel thérapeutique, arrêts de travail, contrôles…

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